根据所承担的工作职责和编制总量，延边朝鲜族自治州公共资源交易中心设6个内设机构。
（一） 办公室
（二） 内控管理处
（三） 采购一处
（四） 采购二处
（五） 采购三处
（六） 建设工程招投标管理处